Anne-Christine Monnetin tutkimukset keskittyvät kasvi- ja eläinpopulaatioiden dynamiikkaan ja niiden vaikutuksiin lajien suojelun kannalta. Hän on HABITRACK-projektin projektipäällikkö, ja hänen vastuullaan on tutkimuskonsortion johtaminen, tulosten levittäminen sekä lintujen elinympäristövaatimusten, pesimätilanteen ja -menestyksen mallintaminen.