Neljästä mustapyrstökuirin alalajista kaksi esiintyy Euroopassa. HABITRACK keskittyy limosa-alalajiin, joka pesii Britanniasta Venäjälle ja jonka lukumäärä on voimakkaasti vähentynyt. Euroopalla on suuri vastuu lajin suojelussa, ja erityisesti Alankomailla, jossa sijaitsee 87 % Itä-Atlantin muuttoreitin pesimäpareista (Brown 2015). Laji on pääasiassa riippuvainen maatalousalueiden niityistä. Intensiivinen maatalous ja elinympäristöjen heikkeneminen aiheuttavat populaation vähenemistä (Li et al 2023).  Joillakin vähemmän intensiivisesti viljellyillä maatalousalueilla ja paremmilla vesienhallintakäytännöillä olevat populaatiot ovat vakaita tai kasvavia.