Anne-Christine Monnet se ve svém výzkumu zaměřuje na prostorovou dynamiku populací rostlin a živočichů a její důsledky pro ochranu druhů. Je projektovou manažerkou projektu HABITRACK a má na starosti koordinaci výzkumného konsorcia, šíření výsledků a modelování habitatových nároků ptáků, jejich hnízdního statusu a reprodukční úspěšnosti.