Aleksi Lehikoisen tutkimukset keskittyvät ympäristömuutosten, kuten ilmastonmuutoksen ja maankäytön muutosten vaikutuksiin lajien runsauksiin ja levinneisyyksiin. Hän on johtanut linnustonseurantaa Suomessa vuodesta 2010. Hänen tutkimusryhmänsä the Helsinki Lab of Ornithology, HelLO, on ollut aktiivinen vuodesta 2013 alkaen. HABITRACKissa Aleksi tutkii millaisia ilmasto-olosuhteita lajit suosivat ja miten tulevaisuuden maankäyttö ja ilmastonmuutos vaikuttavat lajien esiintymiseen.