Aleksi Lehikoinens Forschung konzentriert sich auf die Auswirkungen von Umweltveränderungen, wie Klimawandel und Veränderungen der Landnutzung durch den Menschen, auf die Häufigkeit und Verteilung von Arten. Seit 2010 leitet er das Monitoring häufiger Vogelarten in Finnland und seit 2013 seine eigene Forschungsgruppe, das Helsinki Lab of Ornithology, HelLO. In HABITRACK untersucht Aleksi, wie zukünftige Landnutzungs- und Klimaszenarien die ökologische Nische der Zielarten beeinflussen werden.